Ответственность за непредставление налогоплательщиком в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту своего учета установлена статьей 119 НК РФ.
Пунктом 1 статьи 119 НК РФ установлено, что непредставление налогоплательщиком в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета, при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренного в пункте 2 указанной статьи, влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основе этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 100 рублей.
В соответствии с пунктом 2 статьи 119 НК РФ непредставление налогоплательщиком налоговой декларации в налоговый орган в течение более 180 дней по истечении установленного законодательством о налогах срока представления такой декларации влечет взыскание штрафа в размере 30 процентов суммы налога, подлежащей уплате на основе этой декларации, и 10 процентов суммы налога, подлежащей уплате на основе этой декларации, за каждый полный или неполный месяц начиная со 181-го дня.
Таким образом, размер штрафа, который может быть наложен на налогоплательщика, совершившего указанное налоговое правонарушение, зависит от суммы налога, подлежащей уплате на основе непредставленной в установленный срок декларации, и продолжительности периода,  в течение которого по истечении установленного срока она не была представлена.

При продаже квартиры, приобретенной Вами в новостройке по долевому договору, в случае, если срок её нахождения в собственности на момент продажи составит менее трех лет, Вы также сможете при определении налоговой базы по НДФЛ уменьшить сумму дохода, полученную от её продажи на размер имущественного налогового вычета в фиксированном размере (1 000 000 рублей), либо на сумму фактически произведенных Вами и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением (строительством) этой квартиры.

Дополнительно сообщаем, что в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ при определении размера налоговой базы по НДФЛ налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в сумме фактически произведенных расходов, в частности, на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, а также в сумме фактически произведенных расходов на погашение процентов по целевым займам (кредитам), полученным от российских организаций или индивидуальных предпринимателей и фактически израсходованным на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них.
Общий размер имущественного налогового вычета, предусмотренного подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ, не может превышать 2 000 000 руб. без учета сумм, направленных на погашение кредитов.
Для подтверждения права на имущественный налоговый вычет налогоплательщик представляет:
при строительстве или приобретении жилого дома (в том числе не оконченного строительством) или доли (долей) в нем - документы, подтверждающие право собственности на жилой дом или долю (доли) в нем;
при приобретении квартиры, комнаты, доли (долей) в них или прав на квартиру, комнату в строящемся доме - договор о приобретении квартиры, комнаты, доли (долей) в них или прав на квартиру, комнату в строящемся доме, акт о передаче квартиры, комнаты, доли (долей) в них налогоплательщику или документы, подтверждающие право собственности на квартиру, комнату или долю (доли) в них.
Указанный имущественный налоговый вычет предоставляется налогоплательщику на основании письменного заявления налогоплательщика, а также платежных документов, оформленных в установленном порядке и подтверждающих факт уплаты денежных средств налогоплательщиком по произведенным расходам (квитанции к приходным ордерам, банковские выписки о перечислении денежных средств со счета покупателя на счет продавца, товарные и кассовые чеки, акты о закупке материалов у физических лиц с указанием в них адресных и паспортных данных продавца и другие документы).
Таким образом, право на вышеуказанный имущественный налоговый вычет у налогоплательщика возникает в момент соблюдения всех условий его получения, определенных положениями подпункта 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ, вне зависимости от периода, когда налогоплательщик нес расходы по приобретению, инвестированию или строительству жилого объекта. Предельный размер такого вычета, на который может претендовать налогоплательщик, определяется также исходя из момента возникновения права на указанный имущественный налоговый вычет.
При этом уменьшение налоговой базы на вышеуказанный имущественный налоговый вычет может производиться, только начиная с налогового периода, в котором возникло право на такой вычет.     
Налогоплательщик вправе обратиться с заявлением о предоставлении имущественного налогового вычета, установленного подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ, в любой налоговый период, начиная с периода, в котором возникло право на его получение.
Вычет предоставляется налогоплательщику путем возврата излишне уплаченного налога на основании письменного заявления налогоплательщика при подаче им налоговой декларации в налоговый орган по окончании налогового периода; либо, в порядке, предусмотренном пунктом 3 статьи 220 Кодекса, он может быть предоставлен налогоплательщику до окончания налогового периода при его обращении к работодателю (налоговому агенту) при условии подтверждения права налогоплательщика на имущественный налоговый вычет налоговым органом.
При приобретении имущества в общую долевую либо общую совместную собственность размер имущественного налогового вычета, исчисленного в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ, распределяется между совладельцами в соответствии с их долей (долями) собственности либо с их письменным заявлением (в случае приобретения жилого дома, квартиры, комнаты в общую совместную собственность).
Повторное предоставление имущественного налогового вычета не допускается.
Если в налоговом периоде имущественный налоговый вычет не может быть использован полностью, его остаток может быть перенесен на последующие налоговые периоды до полного его использования.
Из вопроса следует, что право на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ, у Вас возникло в 2009 году (дата подписания акта приема-передачи квартиры в строящемся доме), таким образом, Вы можете уменьшить налоговую базу по НДФЛ на указанный имущественный налоговый вычет, начиная с 2009 года, при условии получения с 2009 года доходов, подлежащих налогообложению по ставке 13%.